ネットショップの決済手数料を比較｜BASE・STORES・makeshopはどれが安い？

ネットショップを開設するとき、決済手数料が安いサービスを選べば、売上から差し引かれる費用を抑えられます。ただし、決済手数料率だけで判断すると、月額料金や注文ごとの固定費によって、実際の負担が想定より大きくなる場合があります。

BASE・STORES・makeshopの料金体系を比較し、月商や注文数によって、どのサービスが費用面で有利になるのかを整理しました。実際の費用をイメージできるよう、具体的な売上条件を設定した試算も掲載しています。

料金・仕様の確認基準日は2026年11月3日です。STORESでは2026年12月1日に予定されている手数料改定も含めて説明します。

ネットショップの決済手数料を比較｜3サービスの料金一覧

ネットショップの運営費用は、決済手数料と月額料金を合わせて比較する必要があります。まずは主要プランの違いを確認してください。

サービス・プラン	月額料金	基本決済手数料	その他の販売時費用
BASE スタンダード	0円	3.6%＋40円	サービス利用料3%
BASE グロース	16,580円（年払い換算）／19,980円（月払い）	2.9%	サービス利用料0円
STORES フリー	0円	5.5%	2026年12月1日以降は1注文40円追加
STORES スタンダード	3,300円（年払い換算）／3,960円（月払い）	3.6%	基本決済の注文固定額なし
makeshop	契約プランによる	決済方法・契約条件による	決済サービスの月額費用等を別途考慮

※基本決済手数料は、各サービスの通常のクレジットカード決済を基準としています。BASE・STORESとも、決済方法によって料率が異なります。makeshopは全プランの同条件での公式料金確認が完了していないため、数値比較から除外しています。

表から分かるように、月額0円のサービスが、必ずしも総費用まで最安になるわけではありません。販売件数が増えるほど、注文単位の固定費や手数料率の差が積み重なります。

ネットショップの機能や使いやすさも比較したい場合は、STORES・BASE・makeshopの総合比較もご覧ください。

▶ BASE公式サイトを見る

決済手数料だけでなく総コストを比較することが重要

ネットショップの費用は、大きく分けて月額料金、決済手数料、注文ごとの固定費、その他の運営費用で構成されます。

決済手数料と販売手数料は異なる

決済手数料は、購入者がクレジットカードなどで支払う際に発生する費用です。一方、サービス利用料や販売手数料は、ネットショップ運営サービス側が取引に応じて設定している費用を指します。

例えばBASEのスタンダードプランでは、通常の決済手数料3.6%＋40円に加え、サービス利用料3%が発生します。

したがって、通常決済における販売時の基本的な負担は、売上金額の6.6%＋1注文40円です。

商品価格が5,000円で、決済対象額も5,000円の場合、計算上の費用は370円となります。

5,000円×6.6%＋40円＝370円

実際の手数料計算には送料、決済方法、端数処理などの条件が関係します。

月額料金と注文数の関係

月額料金が発生するプランでも、決済手数料率が低ければ、一定の売上規模を超えたときに総コストが小さくなる場合があります。

逆に、月額料金が無料でも注文数が多いショップでは、1注文ごとの固定費が負担になることがあります。

比較するときは月商だけでなく、平均注文単価と月間注文数も確認してください。

月商10万円・30万円・50万円で決済手数料を試算

実際にどの程度の費用差が生まれるのか、BASEとSTORESの確認済み料金を使って計算します。

試算条件は次のとおりです。

• 平均注文単価：5,000円
• 決済方法：通常のクレジットカード決済
• 月商：10万円・30万円・50万円
• 注文数：20件・60件・100件
• 有料プランの月額料金：年払い換算額を使用
• 振込手数料・追加オプション・キャンペーン等は含めない

各注文の決済対象額が5,000円で一定と仮定した概算です。STORESは注文ごとの端数処理を考慮し、計算結果が整数になる条件を設定しています。

※BASE グロースとSTORES スタンダードは、年払い契約の1か月相当額を加算しています。実際の年払いではまとまった支払いが必要です。STORESフリーの改定後金額は、2026年12月1日以降の注文に適用される予定の料金による試算です。

今回の条件では、月商10万円ではSTORESフリーの改定前料金が最も低く、月商30万円と50万円ではSTORESスタンダードが最も低い結果になりました。

ただし、これは対象としたプランと決済方法に限定した費用比較です。makeshopなどの未試算サービスを含めた最安順位ではありません。

月商10万円なら無料プランを中心に比較

月商10万円、月20注文の条件では、月額料金がないプランが有利になりやすい傾向があります。

特にSTORESフリーは、2026年11月時点の基本決済手数料が5.5%です。ただし、2026年12月からは注文ごとに40円が加算される予定のため、将来の注文数を踏まえた比較が必要になります。

月商30万円ならSTORESスタンダードも有力

月商30万円、月60注文の場合、STORESスタンダードの試算額は14,100円です。

STORESフリーの改定前16,500円、改定後18,900円と比較すると、有料プランの月額料金を含めても費用を抑えられる計算になります。

なお、年払いの月額換算と月払いの実際の請求額は異なるため、契約期間も含めて判断する必要があります。

▶ STORES公式サイトを見る

月商50万円なら決済手数料率の差が大きくなる

月商50万円、月100注文になると、決済手数料率のわずかな違いが月間費用に大きく影響します。

BASEのスタンダードとグロースを比較すると、今回の条件ではグロースの方が5,920円安くなりました。

ただし、同じ条件でSTORESスタンダードを利用した場合の試算額は21,300円です。売上が増えたら必ずBASEグロースが最安になるわけではありません。

BASEのプラン自体の違いについては、BASEの料金・手数料の解説でも確認できます。

BASEの決済手数料とプランの違い

BASE

スタンダードプラン

スタンダードプランは、売上がまだ安定していないショップや、固定費を抑えて販売を始めたい場合に適しています。

通常の決済手数料は3.6%＋40円、サービス利用料は3%です。

PayPay・Amazon Pay・PayPalを利用した注文では、決済手数料に1%相当が加算されます。

月額費用は0円ですが、注文数が増えるほど固定額40円の累積にも注意が必要です。

グロースプラン

グロースプランは、通常の決済手数料が2.9%、サービス利用料が0円となる有料プランです。

月額料金は年払い換算で16,580円、月払いで19,980円となっています。

PayPay・Amazon Pay・PayPalの決済手数料は3.9%です。また、PAY IDアプリ経由の注文には通常のショップ注文とは異なる手数料体系が適用されます。

スタンダードからグロースへの変更は即時反映されますが、スタンダードへ戻す場合はグロースの契約期間終了後に反映される仕組みです。

そのため、短期間の売上増加だけで年払い契約を決めず、継続的な売上と契約期間を考慮してください。

STORESの決済手数料と2026年12月の改定

STORES ネットショップは、フリープランとスタンダードプランを提供しています。

決済方法によって手数料率が異なり、2026年12月1日にはフリープランの決済手数料改定が予定されています。

フリープランの決済手数料

2026年11月時点では、クレジットカード・コンビニ決済・銀行振込の手数料が5.5%です。

PayPal・PayPay・Amazon Pay・楽天ペイ・対象の後払い・キャリア決済などは6.5%となります。

2026年12月1日以降に注文された取引では、これらの料率に加えて1注文40円が発生する予定です。

40円は商品1点ごとではなく、1注文ごとに加算されます。

適用基準は決済完了日ではなく注文日時です。2026年11月中に受けた注文であれば、支払いが12月になっても改定前の料金が適用されると公式に案内されています。

スタンダードプランの決済手数料

STORESスタンダードの基本決済手数料は3.6%です。PayPay・Amazon Payなどの対象決済方法では4.6%となります。

月額料金は年払い換算で3,300円、月払いでは3,960円です。

2026年12月のフリープラン手数料改定は、スタンダードプランには適用されません。

月間の売上が一定以上あるショップでは、フリーとの差額と月額料金を比較することで、プラン変更の経済的な効果を判断できます。

また、STORESにはネットショップ以外にも決済・レジなどのサービスがありますが、実店舗向けの決済手数料とネットショップ向けの手数料は別の料金体系です。混同しないようにしてください。

makeshopの決済手数料を比較するときの注意点

makeshopは、ネットショップ構築サービスの利用料金とは別に、導入する決済サービスの条件を考慮する必要があります。

公式オンラインマニュアルでは、PayPayの物販向け決済手数料が3.45%と案内されています。課税対象分には別途消費税が加算される旨も記載されています。

また、デジタルコンテンツなど物販以外の決済では、異なる料率が設定されています。

したがって、makeshopを比較する場合は、ショップの月額利用料金と、実際に導入する決済方法の費用を分けて計算することが必要です。

特にクレジットカード決済では、契約する決済サービスやプランによって費用条件が異なる可能性があります。今回の試算では公式の同条件料金を十分に確認できなかったため、makeshopの総費用を算出していません。

BASEとの違いを含めて検討する場合は、BASEとmakeshopの料金・機能比較も確認できます。

▶ BASE公式サイトを見る

ネットショップの決済手数料を安くする選び方

決済手数料を抑えるには、ショップの売上規模と注文構成に合わせて料金体系を選ぶことが重要です。

売上が少ない場合は固定費を優先

開設直後で売上が不安定な場合、月額料金のないプランを選ぶことで、注文が発生しない月の固定費を抑えられます。

ただし、販売開始後は実際の手数料負担を定期的に確認し、必要に応じて有料プランと比較してください。

注文単価が低い場合は固定手数料に注意

1注文40円の固定手数料は、注文金額によって負担率が変わります。

例えば1,000円の注文に対する40円は売上の4%、10,000円の注文に対する40円は0.4%に相当します。

低価格商品を多数販売するショップでは、決済手数料率だけでなく1注文ごとの固定額が利益を左右します。

一方で、高単価商品を中心に扱うショップでは、売上に対する料率の違いが重要になりやすいでしょう。

決済方法の利用割合も比較する

クレジットカード以外にPayPayやAmazon Payなどを導入する場合、各決済方法の手数料率も考慮する必要があります。

例えばBASEスタンダードでは、通常決済とPayPayなどの決済で料率が異なります。STORESでも同様に、決済方法によって料金が変わります。

購入者がどの決済方法を選ぶかによって、同じ売上でも実際の手数料総額は変動します。

▶ STORES公式サイトを見る

振込手数料や追加費用も確認する

決済手数料が低くても、売上金の振込手数料や追加オプションの費用がかかる場合があります。

STORESの公式ヘルプでは、売上振込時の手数料として275円が案内されており、10,000円未満の振込設定では事務手数料275円も加算されます。

そのほか、ショップの機能拡張や運営に必要なサービスの費用も総コストへ加えてください。

最終的には、売上から各種手数料・仕入原価・配送費・広告費などを差し引いた利益で比較することが重要です。

ネットショップの決済手数料に関するよくある質問

決済手数料が一番安いネットショップはどれですか？

今回の条件付き試算では、月商10万円でSTORESフリーの改定前料金、月商30万円・50万円でSTORESスタンダードが最も低い結果となりました。

ただし、すべてのネットショップサービスを同条件で比較した結果ではありません。注文単価、決済方法、契約期間によって結論は変わります。

ネットショップの手数料は売上がなくても発生しますか？

通常、売上に応じて発生する決済手数料は、対象となる決済がなければ発生しません。一方、有料プランの月額料金は、売上がない月でも契約条件に従って発生します。

無料プランから有料プランへ変更する目安はありますか？

有料プランへの変更によって節約できる決済手数料が、追加で発生する月額料金を上回るかが基本的な判断基準です。

ただし、契約期間や利用できる機能の違いもあるため、単月の売上だけで判断せず、数か月分の販売実績を使って比較することをおすすめします。

まとめ｜決済手数料は売上規模と注文数で比較する

ネットショップの決済手数料は、単純な料率だけでなく、月額料金や注文ごとの固定費を含めて比較する必要があります。

BASEは月額0円から始められ、売上増加に合わせてグロースプランを検討できます。STORESも無料・有料の選択肢があり、2026年12月のフリープラン手数料改定が重要な判断材料になります。

makeshopについては、ショップの契約料金と決済サービスの料金を合わせて検討する必要があります。

平均注文単価・月間注文数・決済方法の構成を整理し、同じ売上条件で総費用を試算することが、ネットショップ選びで失敗しないための基本です。

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